4 collégiens: Ulrich, Yumi, Odd et Jérémie découvrent l'existence  d'un monde virtuelle appelé LYOKO, qui est composé de 4 territoires :

-territoire de la forêt

-territoire du desert

-territoire de la banquise

-territoire des montagnes

et tout autour c'est la mer numerique !

Il y a une gardienne pour protégé lyoko: Aelita, qui est traqué par Xana car il veut prendre le contrôle des 2 mondes et il veut aussi détruire Aelita, Ulrich, Yumi, Odd et Jérémie.

Nos 4 collégiens vont devoir affronter des dangers: les attaquents de Xana sur terre et sur lyoko, les mesqineries de Sissie et de sa bande,qui veulent découvrir leur scret, tout en essayant de matérialiser Aelita ! quasi mission  impossible.

Lorsque Aelita sera sur terre , ils pourront débrancher l'ordinateur et ainsi détruire Xana !

Mais il y a un petit imprévus ...